MySQL

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Tutorial

mysql> CREATE USER 'monty'@'%' IDENTIFIED BY 'some_pass';
mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'monty'@'%' WITH GRANT OPTION;
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
LOAD DATA INFILE 'filename' INTO TABLE 'tablename';
LOAD DATA LOCAL INFILE 'filename' INTO TABLE 'tablename' FIELDS ENCLOSED BY "\'";
mysql -u user -p 'database' < script.sql

Configuration

>/etc/init.d/mysql restart # be careful to the command (actually a script) in the same directory
[client]
default-character-set=utf8
[mysqld]
character-set-client-handshake=FALSE
default-character-set=utf8
character-set-server=utf8
[mysqldump]
default-character-set=utf8
[mysql]
default-character-set=utf8

Command

temporary table
CREATE TEMPORARY TABLE tmptable SELECT * FROM table1...
check warnings
SHOW WARNINGS LIMIT 1
Pfam
# archaea에서 발견되는 pfam domain의 수
select distinct(reg.auto_pfamA) from pfamA_reg_full_significant reg, pfamseq seq where reg.auto_pfamseq=seq.auto_pfamseq AND seq.taxonomy like '%Archaea;%'

Error Log

2011.3.2
mediawiki Main_page 뜨지 않음. 다시 설치해도 마찬가지.
mysql 문제였던 것으로 생각됨.
재부팅 후 mysqld 로드 안됨
/var/lib/mysql/mysqld_error.err에서 문제 발견
ibdata1, ib_logfile0, ib_logfile1을 tmp 폴더로 옴겨버리고 mysqld_safe로 데몬 올림. 이후 앞의 세 파일이 새롭게 생성됨.
mediawiki는 새로운 에러메시지를 발생. 다음과 같음
MediaWiki internal error.
Exception caught inside exception handler
DB를 새로 만들고 mediawiki를 다시 설치. 성공.

Database

UMLS

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