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Introduction to CSBL

지구상의 모든 생명체는 공통된 생물학적 또는 분자적 프로세스 (biological or molecular processes)를 가지는 동시에 저마다 다양하고 독특한 프로세스들을 가지고 있습니다. 이러한 프로세스들은 바로 생명체가 오랜 시간을 거쳐 획득한 진화 (evolution)의 산물이기도 합니다. 최근의 생물과학 및 전산과학의 획기적인 발달로 대량의 생물정보가 축적과 분석이 가능하게 되었으며, 그로 부터 얻을수 있는 다양한 생명정보들은 기존 연구의 패러다임을 바꾸고 있습니다. “Computational and Synthetic Biology Laboratory (계산 및 합성 생물학 연구실)”은 생명현상의 근간을 이루는 생물 작용들과 그 구성성분들(단백질, 핵산, 지질, 탄수화물 등)을 다양한 생물정보들을 이용하여 진화적 관점에서 접근/연구하고 있습니다. 또한 이들 생물작용들 및 구성성분들을 조작하거나 그들간의 새로운 조합을 통하여 기존의 기능을 개량하거나 자연계에 존재하지 않는 생물작용을 새롭게 설계하거나 제작하는 것을 목적으로 하고 있습니다.

Contents 1 Introduction to CSBL 2 Computational Genomics & Next Generation Sequencing (NGS) 3 Evolutionary perspective 4 Synthetic Biology 4.1 iGEM 4.2 Protein Engineering 4.3 Bioenergy 4.4 Metabolic Engineering 5 Genome Sequencing 5.1 Project#1 5.2 Project#2 5.3 softwares 6 Network biology 6.1 Protein-Protein Interactions 6.2 Human Disease Network

Computational Genomics & Next Generation Sequencing (NGS)

Evolutionary perspective

Nothing in biology makes sense except in the light of evolution - T. Dobzhansky

SNP analysis & Molecular population genetics

Phylogenomics (comparative genomics)

Evolution of protein domain families

Horizontal Gene Transfer (HGT)

Synthetic Biology

iGEM

Protein Engineering

aryl acylamidase

Bioenergy

Exploring the CAZy

we are developing new CBM (Carbohydrate Binding Modules) classification system: 3D-Map

CArbohydrate Related Domain database - CARD DB

Protein Domains for Biomass Deconstruction - PDBD DB

Biomass deconstruction

Land biomass

Marine biomass

Agar

Related Enzymes

Related Microbes

Metabolic Engineering

Cellulose utilization

Genome Sequencing

Project#1

• Status

Project#2

• Status

softwares

• Conversion among formats fa_all2std.pl

Network biology

Protein-Protein Interactions

Human Disease Network

• references

1. What is a scale-free network? Sci. Am. (2003) Barabasi
2. What is network biology? Nat. Rev. Genet.(2005) Barabasi