김병주

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Contents 1 Discussion 1.1 Procedure 1.1.1 Standard data set 1.1.2 Torsion angles 1.1.2.1 How to calculate? 2 Reference

Discussion

• 현재 공부하고 있는 내용을 바탕으로 다음을 시도해 보세요 - 아래 참고문헌중에 shape string에 관한 부분을 읽고 그대로 따라 하십시오

1. 단백질 구조에서 각 residue들의 torsion angle(phi & psi angle)을 계산하고,
2. 그들의 분포를 고려하여 독자적인 shape string(또는 mesostate)를 만들어 보세요 (아래 문헌의 Fig. 6 참고)

Procedure

Standard data set

• We are going to use the SCOP DB: sequences and structures in the Astral compendium

Torsion angles

• Shape string based on torsion angle distributions in the ramachandran plot

How to calculate?

• Following tools can be used to calculate torsion angles of backbones
  • MMTK (python molecular modeling toolkit)
  • DSSP (by C. Sander)

Reference

1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18691122 [Shape_String_Fig6]
2. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15971840

   [Shape_String0]

3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20007252

   [Shape_String1]

• Fig.6 - PDF
• 웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것)