김병주
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*웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것) | *웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것) | ||
Revision as of 01:29, 23 October 2010
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Discussion
- 현재 공부하고 있는 내용을 바탕으로 다음을 시도해 보세요 - 아래 참고문헌중에 shape string에 관한 부분을 읽고 그대로 따라 하십시오
- 단백질 구조에서 각 residue들의 torsion angle(phi & psi angle)을 계산하고,
- 그들의 분포를 고려하여 독자적인 shape string(또는 mesostate)를 만들어 보세요 (아래 문헌의 Fig. 6 참고)
Procedure
Standard data set
- We are going to use the SCOP DB: sequences and structures in the Astral compendium
Torsion angles
- Shape string based on torsion angle distributions in the ramachandran plot
How to calculate?
- Following tools can be used to calculate torsion angles of backbones
Reference
Error fetching PMID 15971840:
Error fetching PMID 20007252:
Error fetching PMID 20007252:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18691122
- Error fetching PMID 15971840:
- Error fetching PMID 20007252:
- Fig.6 - PDF
- 웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것)
