김병주
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==Discussion== | ==Discussion== | ||
| - | *현재 공부하고 있는 내용을 바탕으로 다음을 시도해 보세요 - 아래 | + | *현재 공부하고 있는 내용을 바탕으로 다음을 시도해 보세요 - 아래 참고문헌중에 '''shape string'''에 관한 부분을 읽고 그대로 따라 하십시오 |
#단백질 구조에서 각 residue들의 torsion angle(phi & psi angle)을 계산하고, | #단백질 구조에서 각 residue들의 torsion angle(phi & psi angle)을 계산하고, | ||
#그들의 분포를 고려하여 독자적인 '''shape string'''(또는 mesostate)를 만들어 보세요 (아래 문헌의 '''Fig. 6''' 참고) | #그들의 분포를 고려하여 독자적인 '''shape string'''(또는 mesostate)를 만들어 보세요 (아래 문헌의 '''Fig. 6''' 참고) | ||
| + | ===Procedure=== | ||
| + | ====Standard data set==== | ||
| + | *We are going to use [http://scop.berkeley.edu the SCOP DB]: sequences and structures in the [http://astral.berkeley.edu/ Astral compendium] | ||
| + | ====Torsion angles==== | ||
| + | *'''Shape string''' based on torsion angle distributions in the [[:en:ramachandran plot|ramachandran plot]] | ||
| + | =====How to calculate?===== | ||
| + | *Following tools can be used to calculate torsion angles of backbones | ||
| + | **[http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK/ MMTK] (python molecular modeling toolkit) | ||
| + | **[http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ DSSP] (by C. Sander) | ||
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==Reference== | ==Reference== | ||
<biblio> | <biblio> | ||
| - | # | + | #Shape_String_Fig6 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18691122 |
| - | # | + | #Shape_String0 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15971840 |
| + | #Shape_String1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20007252 | ||
</biblio> | </biblio> | ||
| - | *[http://www.fos.su.se/~svenh/CPPS-2008%20Describing%20and%20Comparing%20Protein.pdf Fig.6 - | + | *[http://www.fos.su.se/~svenh/CPPS-2008%20Describing%20and%20Comparing%20Protein.pdf Fig.6 - PDF] |
*웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것) | *웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것) | ||
Latest revision as of 01:38, 23 October 2010
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Discussion
- 현재 공부하고 있는 내용을 바탕으로 다음을 시도해 보세요 - 아래 참고문헌중에 shape string에 관한 부분을 읽고 그대로 따라 하십시오
- 단백질 구조에서 각 residue들의 torsion angle(phi & psi angle)을 계산하고,
- 그들의 분포를 고려하여 독자적인 shape string(또는 mesostate)를 만들어 보세요 (아래 문헌의 Fig. 6 참고)
Procedure
Standard data set
- We are going to use the SCOP DB: sequences and structures in the Astral compendium
Torsion angles
- Shape string based on torsion angle distributions in the ramachandran plot
How to calculate?
- Following tools can be used to calculate torsion angles of backbones
Reference
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18691122
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15971840
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20007252
- Fig.6 - PDF
- 웹에다 로그북(logbook)페이지를 만들어 연구와 학습한 내용을 기록하고, 매주 보고해 주세요 - 이때 사용하는 web logbook은 단순한 html 문서이어도 상관없으니 웹페이지만드는데 시간과 공을 들이지 말것! (보안을 위해 암호만 걸어둘것)
