From CSBLwiki
Class schedule
Chapter Assign Pages Presentation Due date
1 이은혜 21 03/19/09 03/12/09
2 박애경 16 03/26/09 03/21/09
3 고혁진 23 04/02/09 03/26/09
4 장은혁 17 04/07/09 04/02/09
5 이예림 18 04/16/09 04/07/09
6 김소현 14 04/23/09 04/16/09
7 정진아 18 05/14/09 04/23/09
8 김윤식 12 05/21/09 04/30/09
9 김윤식 18 06/04/09 05/07/09
10 김윤식 21 06/11/09 05/14/09
- No Class
- 4/30 (중간고사)
- 5/7 (학회참석, SF)
- 5/28 (학회참석, Cheju)
- 해당 단원은 발표 1주일전에 EKU에 올려 놓을것 (MS-Word 형식으로 제출)
- 발표는 해당 단원의 소개 및 요약
- 각 단원의 연습문제를 풀어서 제출할것 - EKU
- 발표한 내용을 MS-Word의 "Trace Changes" 기능을 이용하여 수정하여 제출
Chapters
Chapter 1
- Reading (download a PDF) by 이은혜
- Installing Python & related Modules (Windows & Linux only)
- Excercise#1 Download a genome sequence & do basic statistical analysis
>>> from Bio import Entrez, SeqIO
>>> handle = Entrez.efetch(db="nucleotide",id="NC_001416",rettype="fasta")
>>> record = SeqIO.read(handle,"fasta")
>>> print record
ID: gi|9626243|ref|NC_001416.1|
Name: gi|9626243|ref|NC_001416.1|
Description: gi|9626243|ref|NC_001416.1| Enterobacteria phage lambda, complete genome
Number of features: 0
Seq('GGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGCG...ACG', SingleLetterAlphabet())
>>> print len(record)
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