Progress fordenny12

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<네트워크 생물학 관련 용어>

1. agent(행위자-에이전트): 복잡적응계에서 다양한 형태와 능력을 가지고 능동적으로 활동하는 구성요소로서의 개체를 행위자라고 한다

2. attractor(끌개): 동역학계의 운동을 위상공간에 시간에 따라 변하는 궤도로 나타낼 수 있따. 이 궤도는 시간이 흐름에 따라 일정한 모양을 갖는데 그것을 끌개라고 한다.

3. betweenness(연결도): 네트위크의 한 노드를 정하고, 그노드를 제외한 나머지 노드들의 가능한 모든 쌍의 최단 경로의 수를 센다.이 경로들 중 에 그정해진 노드를 지나는 경로 수만의 비율을 그 노드의 연결도라고 한다.

4. bifurcation(분기): 갈림은 제어 변수를 변화시킴에 따라 특정 시스템의 끌개구조가 질적으로 달라지는 것을 의미한다.

5. closed system(닫힌 시스템): 열역학에서는 외부와 에너지만 교환하고 물질은 교환하지 않는 시스템을 의미한다. 복잡계와 관련해서는 외부와 에너지까지 완전히 차단된 고립계의 의미와 섞여 쓰일 때도 많다.

6. clustering coefficient(결집계수): 결집계수는 네트위크의 결집 정도를 정량화한 값이다. 네트워크에서 한 꼭지점과 직접 연결되어 있는 노드들 사이의 모든 가능한 링크와 실제 링크 비율의 평균으로 정의한다.

7. coevolution(공진화): 공진화는 다른 종의 유전적 변화에 맞대응하면서 일어나는 어떤 종의 유전적 변화라 정의될 수있다. 복잡적응계에서는 상위 시스템(super-system)과 하위 시스템(subsystem)이 같은 방향으로 진화할때 이를 공진화라고 정의한다.

8. complex adaptive system(CAS)(복잡적응계): 복잡계 중 구성요소들이 환경의 변화에 능동적으로 자신을 재조직하며 적응하는 시스템을 의미한다. 지적인 존재 또는 그집단이 구성요소가 되는 다양한 사회경제계들이 대표적인 예이다.

9. complex system(복잡계): 다양한 구성요소가 상호작용하는 시스템을 의미한다.

10. complexity(복잡성): 시스템의 복잡한 성질을 의미하며(복잡성), 때로는 그 양적인 정도를 의미하기도 한다(복잡도).

11. complexity measure(복잡도): 시스템의 복잡한 정도를 측정하는 양을 의미한다.

• 3월 14일

• data관련 상황

총논문 갯수: 105598
총저자수: 128149
저자중 fullname이 없어서 제외한 저자수:16839
TOP5- 저자에따른 논문갯수
Kim, Dong-Hyun 253개
Jang, Yang-Soo 228개
Yoo, Jung-Hoon 226개
Kim, Cheorl-Ho 214개
Kim, Hyung-Min 211개

• 3월 2일

• 진행상황

cmb에서 데이터가 많은지라 출력하기 위해 하루전날 돌려 놓고 갔지만 이상하게 출력도 되지 않았고 계속 진행 중이었으며 오류도 감지되지 않은 상황이었음
그래서 다시 출력시도하였고 오류를 찾을려고 다시 진행중입니다.

• 어려운점

python을 공부하고 익히고 있는지 벌써 두달이 되어가고 있는데 제자리 걸음만 하고 있는것같음
그래서 다시 가지고 있는 python책을 이용해서 기초부터 확실히 익혀가며 공부라 요구되어지고있는 상황
근데 지금 가지고 있는 책으로는 기초적인 부분은 익힐수 있지만 그책만으로는 어려움이 있는것같아서 책만 보고 해야하는것인지 아님 인터넷을 이용해 검색을해가며 해야하는것인지 그부분에 대해 다소 어려움이 있음

• 3월 1일

• 진행상황

아직도 두번째단계인데 계속해서 변수적인 문제를 가지고 어려움을 겪고있다 저번에 비해 조금더 실마리를 풀어나가고있음
3월부터 다시 Python 책을 보면서 다시 처음부터의 개념가 필요를 할것같음

• 2월 23일

• 진행상황

첫단계까지 한상태에서 두번째단계를 하고 있는데 첫번째단계와 다르게 저자를 중심으로 해서 리스트를 뽑아내기는 했지만 생각하는것과 다르게 변수가 있다고 생각이듬
저자를 중심으로 해서 작업을 하고 있지만 쉽게 되지가 않음. discussion이 필요할것같음.

• 2월21일

• 진행상황

이제는 세단계로 나누어서 작업을 하고 있는데, 그중 첫단계인 ID를 기준으로 그에 따른 mesh term, year, author별로 항목을 나누는것까지했음
그리고 '링크'라는 책을 읽고 있음.

• 어려운점

지금까지도 항상 같은 어려움을 겪고있지만, 파이선에 대한 프로그래밍하는 거에대한 이해가 부족하고 계속적인 공부가 필요함.

• 2월 8일

• 진행상황

ID와 mesh 부분의 자료를 뽑아서 파일화 했음
계속적으로 python책을 보면서 공부중.

• 2월 7일

• 진행상황

현재 project부분에 관해서는 그전과같이 계속 진행중이며 계속적으로 python에 관해 책을보면 익히고 있음.
그리고 교수님이 추천해주신 책중 '21세기를 지배하는 네트워크과학'이라는 책을 읽고있음.

• 읽고 발표할 논문 - Complete trails of coauthorship network evolution
• 1월 20일

• 진행상황

1월 19일 부터 '개념을 잡아주는 프로그래밍 정석이라는' 이라는 책을 가지고 좀더 개념적이고 상세한 부분에 대해서 공부하고 있으며
project에관해서는 지금현재 pubmed에서 필요한 자료를 뽑아내기 위한 스크립트를 작성중에 있음

• 어려운점

스크립트를 작성함에 있어서 좀더 개념적이고 실전적인 부분에 대해서 공부가 필요함.

• 1월 14일

• 진행상황

1월 11일부터 python책을 이용하여 처음부터 외우면서 익히는것 보다는 책에 나와있는 예시문을 연습해가면서 조금씩 적응해 나가는것에 중점을 두고 책을 보고있음

• 어려운점

1. 파이션에 적응하려고 공부를 하고 있지만 명령어에 따른 결과값을 볼때면 '이런거구나 하고' 생각이 들기도 하지만
   이것을 이용해서 어떻게 무엇을 만들어 내는건지 대해서 의문이들기도함.

Project: Construction of Korean Life Scientist Network (Node: Authors, Edge: Co-authorship)

1. 어느 정도의 수준과 내용을 익혀야 하는지에 대해서도 잘모르겠음.

주어진 과제와 필요에 맞춰나가면 됨