Progress jihee
From CSBLwiki
|
Project
- 목표:진균계를 웹상에서 깔끔하게 분류 하고 데이터를 입력하여 유용하게 쓰이도록 한다.
- step1: NCBI에서 받은 데이터를 파이썬 으로 Fungi만 뽑아내 fungi의 계통 데이터를 만들어 활용할수있도록 하자?! 입니다.
- 뭐가 필요한가?:파일이 두개이고 한파일안의 두데이터를 key와 value로 나눠 서 원하는 데이터를 활용 하기 위하여 파일을 불러와서 활용하는것과 데이터를 이용하는것에 기초와 능숙하게 쓸수있도록 하는것이 필요함
- step2
- 위에서 뽑아낸 데이터를 위키에서 페이지를 만들수 있도록 [링크,이름]으로만들어주는 스크립트를 짜서 활용.
- 위키문법과 위키를 제대로 활용하기 위한 방법에 대한것
- step3 NCBI에서 18s rRNA 데이터만 추출 하고, 그것을 쉽게 데이터 활용할수있도록 함
- step4 웹상에서 깔끔하게 편리하게 보일수있도록 할수있어야함
Progress
- Mediawiki Import
- 대량의 텍스트를 위키문서로 전환?
- 2011.1.31:
ncbi 데이터를 id와 이름으로 분류해서 각각의 파일로 만들었으며 , 이것을 html 형식으로 만들고 html->위키로 한번에 올릴수있다면 mycopedia에 페이지만드는 작업은 끝난다 .
- 2011.1.27:
ncbi에서 뽑은 fungi 데이터를 활용하여 종속과목강문계 텍스트 파일을 만들었고,각각의 페이지를 만들고 링크들을 넣었으며 아직 Id로만데이터를 만든것이어서 숫자로되있는 텍스트파일과 링크라서 그것을 이름으로 바꿔주는 작업과 위키페이지로 바로 만드는 작업에 대해 공부 해야한다 .
- 2011.1.24:ncbi데이터를 fungi 만 뽑아서 데이터를 만들었고, name 데이터를 사전으로 만들어서 데이터에 이름을붙이는것을 했음.
- 2011.1.21:
열혈강의 파이썬:179~259(리스트,튜플,사전및 집합)
- 드디어!!!!!!!!!!!!!!!NCBI에서 받은 데이터를 이용하여 사전형식으로 만들고 원하는 데이터의 value값을 다시 key값으로 지정하여 value를 뽑아내고 x(처음key값의value):[value 값들 ]로 뽑아내는 스크립트를 짤수있게 되었습니다 . 하지만 중요한건 반복해서 데이터를 뽑아내고 쭉 정렬 하는 방법을 아직 모르고,데이터를 어떻게 파일에 저장해야할지 잘 모르겠습니다.->반복해서 자식과 부모의 데이터가 동일할때까지 데이터를 만들어내는것을 하고 저장을 했는데 이텍스트가 정확한지 확인할수가 없습니다.
- 대청소!
- 2011.1.20:
- 열혈강의 파이썬: 145~211(문자열,리스트)
- 파이선 책이 와서 이제 파이썬책을 더 잘 활용할수있게 됬습니다. 감사합니다 .
- 2011.1.19:
- 파이썬: 데이터를 활용할 스크립트를 짜봄 ( 파일을 한줄씩 불러오는게 문제인지 잘안되고,이것을 활용할 기초가 부족함)
기초 부터 천천히:숫자를 입력하면 그숫자의 구구단이 나오는 스크립트와 화씨를 섭씨로 바꾸는 스크립트를 짜보고,함수에 대해 공부함
- 균류생물학 책을 읽음 (2장:균류및 유사균류의 다양성 - 진균계 와 각 문 들과 대표되는 종들 의 특성과 어떻게 분류되어있는지에 대한..)
- R 스터디 -화요일에 발표할 5장의 내용에 대한 정리를 함
- 2011.1.18
- ncbi 에서 가져온데이터 들을 보며 데이터가 어떤식으로 되었는지 이해하고 , 파이썬을 어떻게 이용 해서 데이터를 뽑아낼지 생각해봄
각각마다 두개의 숫자를 가지고 있고 한가지는 자신의 부모, 그리고 하난 자신으로 되어 있기 때문에 파일에서 불러온 데이터를 묶고 이 데이터가 가지고 있는 두개의 숫자를 따로따로 지정하되 하나의 데이터로인식하게 해서 두개의 숫자가 같아질때 까지 과정을 반복하게 하면 될것 같은데 아직 파이썬을 제대로 몰라서 우선은 기본부터 천천히 해야 될것 같다.
- R 스터디 -화요일 저녁7시부터.
- 여러가지 화일형식으로부터 위키문서로 전환하는 방법들 - 여기에다 자동으로 위키에다 업로드까지 하면 데이터입력이 아주 쉽겠다
- 2011.1.17
- 파이썬 1~110 페이지
- for문을 읽어보면서 나중에 리스트 뽑으면 링크로 만들을 형식을 짜봤는데 이걸 약간 수정해서 씀 될듯 하다 .
- 2011.1.15
- 한성오빠한테 mycopedia 에대한 설명을 듣고,위키문법으로 테이블 만드는 법을 공부했다.(위키 문법으로 만들었는데 테이블 만드는 방법이 조금복잡하게 나와있고 이해가 잘 안가서 이해하는데 조금 걸렸다.)
- 표를 만들때 가로 방향으로 채워가면서 정해가는거였다.안에 내용을 채울때 한번에 채우는 방법이 있을지도 모른다는 생각이 들었는데 내가 지금 할수있는게 채워 넣으면서 만드는것 밖에 모르겠다.
- 링크
- 2011.1.14
- statistic using R with biological Examples 59p까지 보면서 예제 따라함
- 그래프 활용에 대한 프린트를 보며 따라해봄
- 대청소함
- 앞에 2일동안은 쉬웠는데 점점 어려워진다.따라하는건 쉬운데 내가 원하는것을 쉽게쉽게 쓰려면 한참 남은것 같다.
- 오늘 남은 해야할일:미디어 위키에 대해 알아보기,영어
Reference
- wiki formatting - 위키문서작성시 참고
