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| - | + | [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/omimfaq.html#download OMIM download] | |
| + | *[http://www.nd.edu/~alb/Publication06/145-HumanDisease_PNAS-14My07-Proc/Suppl/ Human disease network raw data (물리학과 고광일 교수제공)] | ||
| + | *[http://www.diveintopython.org/ Dive into Python (Book)] | ||
| + | *[http://networkx.lanl.gov/wiki NetworkX Python network analysis tool] | ||
| + | **[[color code]] | ||
| + | **[[node labeling]] | ||
| + | *Python: multiple key values in 'dict' type [http://aspn.activestate.com/ASPN/Cookbook/Python/Recipe/52219 cookbook] | ||
| + | *python 대소문자 전환 [http://mwultong.blogspot.com/2006/12/python-uppercase-lowercase-capitalize.html module : string] | ||
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| + | *한글이 깨져 보일 때: View(보기)->Encoding(인코딩)->Korea(한국어) | ||
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| + | *Gene Ontology Data | ||
| + | **Human GO annotation [http://cvsweb.geneontology.org/cgi-bin/cvsweb.cgi/go/gene-associations/gene_association.goa_human.gz?rev=HEAD Human GO Download] | ||
| + | **GO mapping [http://compbio.korea.ac.kr/~igchoi/goaslim.map GOA slim mapping] | ||
| + | **GO Slim [http://compbio.korea.ac.kr/~igchoi/goslim_goa.go GO Slim categories] | ||
| + | **Gene association DB data ([http://geneticassociationdb.nih.gov/cgi-bin/index.cgi NIH]) [http://compbio.korea.ac.kr/~igchoi/all.xls.zip Download] | ||
| + | **먼저 molecular function만 고려해 보거라 | ||
| + | **고광일 교수님 데이터중에서 Gene ID가 Human Go annotation과 일치하는 것이 있으면 그것도 진행하도록 하자 | ||
| + | ***Conversion of Uniprot id to Unigene id & GO assignment [http://compbio.korea.ac.kr/~igchoi/p2g2go.tar.gz p2g2go.tar.gz] | ||
| + | **Minimum Spanning Tree - 전체 네트워크 그래프에서 minimum spanning tree를 구해볼것 | ||
| + | **Clique - 전체 네트워크 그래프에서 Cliques들을 구해볼것 | ||
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| + | *Cytoscape[http://www.cytoscape.org/ homepage] | ||
| + | **[http://www.cytoscape.org/manual/Cytoscape2_5Manual.html manual] | ||
| + | ---- | ||
| + | *EST analysis | ||
| + | **Hitchhiker's guide for EST anlysis ([[media:estguide.pdf|PDF]]) | ||
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| + | *wiki [http://wiki.kldp.org/wiki.php/%C0%A7%C5%B0%BB%E7%BF%EB%B9%FD manual] | ||
Revision as of 00:45, 3 April 2009
- Human disease network raw data (물리학과 고광일 교수제공)
- Dive into Python (Book)
- NetworkX Python network analysis tool
- Python: multiple key values in 'dict' type cookbook
- python 대소문자 전환 module : string
- 한글이 깨져 보일 때: View(보기)->Encoding(인코딩)->Korea(한국어)
- Gene Ontology Data
- Human GO annotation Human GO Download
- GO mapping GOA slim mapping
- GO Slim GO Slim categories
- Gene association DB data (NIH) Download
- 먼저 molecular function만 고려해 보거라
- 고광일 교수님 데이터중에서 Gene ID가 Human Go annotation과 일치하는 것이 있으면 그것도 진행하도록 하자
- Conversion of Uniprot id to Unigene id & GO assignment p2g2go.tar.gz
- Minimum Spanning Tree - 전체 네트워크 그래프에서 minimum spanning tree를 구해볼것
- Clique - 전체 네트워크 그래프에서 Cliques들을 구해볼것
- EST analysis
- Hitchhiker's guide for EST anlysis (PDF)
- wiki manual
