Genome assembly
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Results
Coverage Graph
Using Solexa reads with Mosaik Aligner.
8번의 경우 cov가 다른 scf의 4~5배.
3번은 align 안됨. (paired-end 모드 때문?, 로슈의 gsMapper로 454 reads를 align 했을 때도 매핑이 안되었음.)
Annotation
scaffolds
1. abyss : solexa 2. newbler : SE reads + PE reads + abyss fake reads (SE_PE_abyss) 3. gapRes (my_run1.fasta) 4. manually check (manual_align3.fasta) 5. minimus2 : contigs + abyss contig (after_minimus.fasta) 6. manually arrange the orientation of minimus2 with nucmer(--maxmatch [1]
